Академия комплексной безопасности предпринимательства при БашГУ была создана приказом ректора № 625 от 18 июня 1998г. Главной целью создания структуры являлась реализация Федеральной целевой программы переподготовки и обеспечения занятости военнослужащих, подлежащих увольнению в запас, граждан, уволенных с военной службы и членов их семей, утвержденной Постановлением Правительства РФ № 153 от 03 февраля 1998г.
Открытие нового структурного подразделения Башкирского государственного университета поддержали Министерство обороны Российской Федерации, Государственный таможенный комитет Российской Федерации, Министерство по делам гражданской обороны и чрезвычайным ситуациям Республики Башкортостан, Министерство юстиции Республики Башкортостан, Госкомитет по науке, высшему и среднему профессиональному образованию Республики Башкортостан.
На основании решения Ученого совета от 27 января 1999г. (протокол № 5) были внесены дополнения к Уставу Башгосуниверситета, утверждено действующее в настоящее время Положение о БАКБП при БашГУ.
В 2000г. на основании Распоряжения кабинета министров Республики Башкортостан от 26 мая № 495-р БАКБП при БашГУ определена как республиканский головной учебный центр по подготовке и переподготовке военнослужащих, подлежащих увольнению в запас, граждан, уволенных с военной службы и членов их семей.
С 1999 года Академия вела подготовку по специальностям высшего профессионального образования - «Международные отношения», «Связи с общественностью», «Реклама», «Государственное и муниципальное управление», «Маркетинг», «Регионоведение», «Стандартизация и сертификация», «Управление качеством», «Экономика и управление на предприятии», «Организация и технология защиты информации», «Юриспруденция».
Следует отметить, что помимо основных образовательных программ активно реализовывались программы дополнительного профессионального образования по подготовке судебных приставов, оценщиков недвижимости, обеспечивающие подготовку слушателей по востребованным в начале 2000-х годов направлениям.
В 2003г. при Академии был создан колледж, в котором обучение велось по специальностям среднего профессионального образования - «Менеджмент», «Экономика, бухгалтерский учет и контроль», «Финансы», «Право и организация социального обеспечения», что осуществляло преемственность в системе образования колледж-вуз. В настоящее время колледж является обособленным структурным подразделением университета.

В БАКБП при БашГУ прошли обучение более 250 военнослужащих, находящихся в запасе, а также члены их семей, в том числе 120 офицеров Вооруженных Сил РФ, 42 офицера МВД, 20 офицеров Башкирского таможенного управления, ранее служивших в Вооруженных Силах РФ, более 100 членов семей военнослужащих.
В связи с прекращением действия Федеральной целевой программы перестали выделяться целевые места для военнослужащих, уволенных в запас, в связи с чем Академия стала вести подготовку специалистов преимущественно на договорной основе. Всего за 13 лет выпущено более 3300 специалистов.
Исторически сложилась действующая в настоящее время структура БАКБП. В составе Академии работают 6 кафедр – гуманитарных дисциплин; информационной безопасности; маркетинга и рекламы; права; экономики, управления и финансов; 5 из которых являются выпускающими.
За годы развития Академии сложился качественный профессорско-преподавательский состав. Доля штатных преподавателей составляет 57,5%; преподавателей с учеными степенями и званиями составляет 54,5 %.
База успеваемости ведется учебным отделом, представленным специалистами по дневному и заочному отделениям. Расписание учебных занятий составляется специализированной диспетчерской службой.
Образовательный процесс ведется в четырехэтажном здании БашГУ по адресу г. Уфа, ул. Губкина, 10 Б, а также на факультетах университета, в частности, на кафедрах физвоспитания, безопасности жизнедеятельности, в лабораториях физико-технического института и инженерного факультета. К услугам студентов в здании Академии имеется библиотечное обслуживание (Абонемент №7), компьютерный класс на 15 посадочных мест, мультимедийная аудитория, спортивная площадка, буфет. Материально-техническая база БАКБП позволяет вести отвечающий современным требованиям образовательный процесс.